双气囊小肠镜是由一条200公分的内视镜和一条145公分的外套管(overtube)所组成，且两者的远端各有一个气球，此外尚有一个帮浦可控制气球的充气或泄气并监控气压。
通常情况，经口进镜可抵达回肠中上段，经肛门进镜可上达空肠中下段，这样交替进镜可对整个小肠进行完全、彻底的检查，一扫小肠检查“死角”，将小肠疾病的诊断和治疗提升到一个全新高度。双气囊小肠镜克服了胶囊内镜不能直视观察和取活检的缺点，在肠腔内可进可退，发现病变还可以取活检，做标记。
异常结果：出现出血、胰脏炎、穿孔等现象。
需要检查的人群：小肠出血病因之诊断及止血;小肠肿瘤和息肉切除或切片;小肠阻塞原因之探查;以染色剂做小肠病兆术前之定位;小肠异物之移除。
检查前禁忌：饮水和进食。
检查时要求：时间较长，不适者及时报告。
由操作者负责插镜和控制旋钮方向，一协助者负责托镜和插送外套管，另一位协助者进行气泵操作，观察病人，给药，钳取活组织等。在x线透视辅助观察引导下利用两个气囊反复交替固定肠管，使有效长度仅2米的内镜和柔软的外套管完成长达6米的小肠检查。
不合宜人群： 对年龄较大或有严重心、肺、肝、肾功能不全者不宜使用。
(1)咽部感染：咽部病变，可因咽部损伤继发感染，甚至发生咽部蜂窝织炎或咽后壁脓肿。应予休息及抗生素治疗。
(2)食管穿孔：为严重甚至致死性并发症，尤其并发纵隔炎者，须抗生素治疗、手术缝合或引流治疗。
(3)胃穿孔：不如食管穿孔严重，须抗生素及手术缝合治疗。
(4)出血：因黏膜损伤或活检时取组织太深、撕拉过度所致。出血量不多时，多能自行停止;如出血过多，应内镜下止血。
(5)心血管意外：可因咽喉迷走神经反射引起，有个别心搏骤停病例。根据当时心脏情况，应予以相应的处理，包括吸氧、抗心律失常药物、复苏术等。
