脑脊液蛋白电泳主要用于多发性硬化症，神经梅毒及亚急性硬化性全脑炎等的诊断。
滤纸法：
白蛋白0.55～0.69(55%～69%)；
球蛋白α10.03～0.08(3%～8%)；
α20.04～0.09(4%～9%)；
β0.10～0.18(10%～18%)；
γ0.04～0.13(4%～13%)。
(1)白蛋白升高椎管梗阻、脑肿瘤、部分血管性疾病。
(2)α1球蛋白升高见于脑部感染、急性细菌性脑膜炎、脊髓灰质炎;降低见于脑外伤急性期。
(3)α2球蛋白升高脑部转移瘤、癌性脑膜炎、胶质瘤、桥脑小脑角肿瘤。
(4)β球蛋白升高多发性硬化症、亚急性硬化性全脑炎、震颤性麻痹、脑萎缩、阿尔茨海默病、手足徐动症、肌萎缩侧索硬化症、多发性神经根炎、面神经麻痹、糖尿病性周围神经炎、脑瘤(胶质瘤)、癫痫、假性脑瘤等。
(5)γ球蛋白升高多发性硬化症、亚急性硬化性全脑炎、病毒性脑炎、脑脓肿、多发性神经根炎、酒精中毒性周围神经炎、浆细胞瘤、胶质瘤、桥脑小脑角肿瘤、脑外伤、结节病、血清γ球蛋白增高(肝硬化、结缔组织疾病、多发性骨髓瘤)等。
由于脑脊液蛋白质含量较少，在电泳前必须进行浓缩，一般用透析法，透析液可用高分子质量聚乙二醇、右旋糖酐等。
近年，已采用高效毛细管电泳法其分辨率更高，而且脑脊液不需要经过浓缩。
使用醋酸纤维素膜操作法。
1.如有明显视乳头水肿或有脑疝先兆者，禁忌穿刺。
2.凡患者处于休克、衰竭或濒危状态以及局部皮肤有炎症、颅后窝有占位性病变者均禁忌穿刺。
穿刺时患者如出现呼吸、脉搏、面色异常等症状时，应立即停止操作，并作相应处理。
