真菌组织病理学是深部真菌感染的重要诊断方法，组织中真菌的鉴定标志着病原学诊断水平。免疫组织化学根据真菌抗原性不同将真菌分类。怀疑真菌性角膜炎而角膜刮片阴性者，可作角膜活检。用尖刀片切取角膜病损组织，或在穿透性角膜移植术时钻取病损组织，用10%甲醛或95%酒精固定，石蜡包埋，切片，染色(HE染色、PAS染色或吖叮橙染色等)。或用2.5%戊二醛固定，做电镜切片，观察真菌的超微结构。
取怀疑有真菌感染的组织进行培养，用镜检等的检查方法，未检查出真菌则为正常状况。
异常结果：引起眼部感染的常见放线菌主要有链霉菌、奴卡氏菌等，多引起角膜炎、泪小管炎、泪囊炎、结膜炎等。新型隐球菌，可见于亚急性或慢性脑膜炎或肺部感染，也可侵犯皮肤、皮下组织、肌肉、淋巴结及肠道等处，由肺经血行播散时可侵犯所有脏器组织。不管发生哪类隐球菌感染，最后中枢神经系统终将受染。
需要检查的人群：多引起角膜炎、泪小管炎等真菌感染症状的患者。
检查前禁忌：注意个人卫生，避免吃对皮肤有强烈刺激性的食物。
检查时要求：
1、详询有无外伤史及手术史，受伤时间、场所，受伤后的处理，发病时间、病情发展经过，有无破伤风预防接种史;对女性患者，应详询分娩或流产史;如为新生儿，应询问分娩史及脐带处理的情况。有少数病例无损伤史，亦未见明显的创口。
2、检查受伤部位、创口情况，创口周围肌肉有无痉挛及抽动，特别注意腹直肌是否强直。如创口有渗出物或脱落的组织块，应行细菌学检查(包括涂片及厌氧菌培养)和病理检查。
3、观察患者有无牙关紧闭、阵发性抽搐、痉笑、角弓反张，全身强直及阵发性痉挛，特别注意呼吸道是否通畅，有无喉头痉挛。待患者安静后，再检查有无肺部并发症，也可行必要的辅助检查。
怀疑真菌性角膜炎而角膜刮片阴性者，可作角膜活检。用尖刀片切取角膜病损组织，或在穿透性角膜移植术时钻取病损组织，用10%甲醛或95%酒精固定，石蜡包埋，切片，染色(HE染色、PAS染色或吖叮橙染色等)。或用2.5%戊二醛固定，做电镜切片，观察真菌的超微结构。
(1)链霉菌(streptothrix)为纤细的分枝与不分枝的长菌丝，常断裂为杆菌与细小球菌，革兰氏染色着染不同，杆菌阴性，球菌阳性。 Giemsa 染色能更清楚地识别其形态。泪小管分泌物呈白、灰黄色凝块，压片染色镜检见菌块与菌体。培养生长较慢。常致下泪小管炎，并发慢性结膜炎、泪囊炎。
(2)奴卡氏菌(Nocardia)是一群需氧性放线菌，广泛分布于土壤中。多数为腐生的非致病菌，其中对人类有致病作用的有星形奴卡氏菌和巴西奴卡氏菌。本属为丝状，易断裂为杆菌与细小球菌。抗酸染色呈弱阳性反应，在普通培养基上菌落大小不等，表面有皱褶或呈颗粒状。不同种可产生不同色素，如黄色、橙红、红色以及其它颜色。眼部常引起角膜炎、泪囊炎、泪小管炎、结膜炎、眼内炎等。
不合宜人群：暂时未发现。
暂无发现相关并发症和危害。
